FLACからALACへ変換する
FLACファイルをプログラムにドロップするだけでApple Losslessに変換できました。
設定をすれば、変換のボタンをおさなくてもドロップするだけでFLACファイルがあるフォルダーにファイルを保存させることができます。
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インストールされているプログラムに依存していなさそうなので、iTunesのバージョンがどうだとか心配する必要はないかと思います。
方法
保存されたファイルをCtrlキーを押しながらドラッグして選択を切り替えて、iTunesで管理しているフォルダーにポイします。
設定